Organi Progresa su Skupština, Upravni odbor, predsjednik Upravnog odbora, izvršni direktor i Savjetodavni komitet.
Skupština je najviši organ upravljanja Progresa, kojeg čine svi članovi organizacije. Pod nadležnosti Skupštine, između ostalog, spada usvajanje Statuta i izmjena i dopuna Statuta, izbor predsjednika Upravnog odbora, te druge aktivnosti definisane Statutom.
Upravni odbor je upravni i kontrolni organ Progresa, koji se sastoji od predsjednika i četiri člana. U sklopu svojih nadležnosti, Upravni odbor donosi srednjoročne planove o radu organizacije, usvaja strateška i programska dokumenta, vrši periodični nadzor djelovanja organizacije, donosi i usvaja protokole i pravilnike o radu, te obavlja druge aktivnosti definisane Statutom.
Predsjednik Upravnog odbora je lice ovlašteno za zastupanje organizacije i u tom svojstvu rukovodi radom Upravnog odbora i predstavlja i zastupa organizaciju u svim pravnim i drugim radnjama. Pored toga, predsjednik Upravnog odbora donosi formalne odluke u ime i za račun organizacije, na osnovu preporuka Upravnog odbora.
Izvršni direktor je predstavnik menadžmenta i zaposlenih u organizaciji, zadužen za obavljanje predviđenih programskih, projektnih i drugih aktivnosti organizacije, kao i koordinaciju rada zaposlenih i volontera. Izvršnog direktora bira i imenuje Upravni odbor.
Savjetodavni komitet je nezavisni savjetodavni organ organizacije koji okuplja profesionalce i stručnjake iz oblasti ljudskih prava i sloboda, prava i pravosuđa, rodne politike, socijalne inkluzije, kulture, medija, ekonomije i drugih relevantnih oblasti. Uloga Savjeta je da doprinese boljem i efikasnijem djelovanju i radu organizacije, a samim tim i poboljšanju kvaliteta života LGBTIQ+ osoba u Crnoj Gori.